是否合理，因为员工与客户发生纠纷

法律分析：用人单位扣除劳动者工资应遵循的规定有，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。
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实际中，被单位扣工资，如果是劳动者因自身问题耽误工作，适当扣除部分工资是合法的，当然，不同公司会有不同的规定。